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实质审查意见通知书分为第一次审查意见通知书和再次审查意见通知书 。

第一次审查意见通知书是审查员经过实质审查后首次发出的通知书，除了极少数可直接授予专利权的发明专利申请外，国家知识产权局专利局都必须发出第一次审查意见通知书。通常对于有授权前景的发明专利申请，第一次审查意见通知书在全面审查基础上指出专利申请文件存在的所有缺陷；而对于无授权前景的专利申请，第一次审查意见陈述书将充分论述该专利申请不能授予专利权的理由。由此可知，第一次审查意见通知书通常在审查意见通知书中最重要且内容最多。再次审查意见通知书是针对申请人的意见陈述书及新修改的专利申请文件继续进行实质审查后发出的，往往是对第一次审查意见通知书的补充，由再次审查意见通知书可以更清楚地得知该专利申请的前景。

审查意见通知书由标准表格（通常又称作通知书扉页）和审查意见通知书正文两部分组成。在标准表格中给出实质审查所依据的文本、引用的对比文件、对权利要求书和说明书的结论性意见、实质审查的倾向性结论意见、答复期限等，其中第一次审查意见通知书的标准表格中还给出专利申请的基本情况，如有无优先权要求、有无主动修改等。在审查意见通知书正文部分主要指出权利要求书和/或说明书的实质性缺陷，有授权前景时还指出专利申请文件所存在的其他问题